Ngày 20 tháng 4 năm 1862, lá cờ Kháng chiến của quân Phillippine tung bay trên pháo đài Manila loang lổ vết đạn. Cuộc tấn công “giải phóng” Manila và Batags diễn ra quyết liệt trong 4 ngày đêm dong dã cuối cùng cũng có kết quả sau cùng, rạng sáng ngày 16 tháng 4 quân Tây Ban Nha trong pháo đài Batagas bị tiêu diệt với kế sách đánh tráo quân tiếp viện dựa vào đêm tối mập mờ mà đi vào hàng phòng thủ của pháo đài rồi tấn công quyết liệt. Tất nhiên 3 ngàn quân đang bao vậy Pháo đài Batagas cũng nhân cơ hội mà xông vào. 1 ngàn lính thủ trong pháo đài Batagas thất bại triệt để và bị bắt gọn. 
Lúc này đây kháng chiến quân Phillippine để lại một ngàn người canh giữ Battagas, còn lại tiến quân ngày đêm vượt 120km để đến Manila bằng đường bộ. 
Trong lúc này thì Hạm đội khổng lồ của Đại Nam đã kéo hai chiếc tuần dương Hạm tàn tạ của quân Tây Ban Nha vào cảng Manila. Trận hải chiến quy mô đầu tiên của hải quân Đại Nam đã diễn ra tại bờ biển Phillippine. Trong trận chiến này thì hải quân Prussian không hề tham chiến. Diêu thiếu muốn dành cơ hội luyện binh cho người Việt.
Ngày hôm đó sau khi Đại tá Palanca của Tây Ban Nha cho chiến hạm quay đầu chạy về Manila được tầm 50km thì bị chặn đầu bởi nhánh hải quân Vạn Ninh. Lần này liên quân Đại Nam -Prussia đã mất công bố trí toàn diện như vậy thì làm sao có thể để cho chiến hạm Tây Ban Nha chạy thoát. Thật ra từ lúc quân Tây Ban nha xuất cảng thì đã có các thương thuyền ma mãnh trong hải cảng theo dõi, dọc tuyến đường đi của hải quân Tây Ban Nha cũng thi thoảng “vô tình gặp một vài thương hạm dọc ngang Manila và Batagas. Tất nhiên điều này không khiến quan Tây Ban Nha nghi ngờ, vì hai nơi này vốn dĩ là quốc tế cảng, số lượng thương thuyền vào ra nhiều lắm. Các thương thuyền này khi gặp được thuyền Tây Ban Nha đi qua sẽ tăng tốc mà lao đến vị trí chỉ định sẵn để báo tin cho liên quan Đại Nam- Prussia. Vậy ra Vạn Ninh hạm đội mới có thể đón đầu hạm đôi Tây Ban Nha chạy trốn về Manila. 
Tất nhiên Palanca không chịu chết như vậy, ông ta quyết định thật nhanh là chiến đấu để đục thủng hạm đội trước mặt rồi lao về Manila. Nói về kinh nghiệm hải chiến hiện đại thì Quang Cán thua Palanca, nhưng nói về số lượng chiến Hạm, chất lượng đại bác thì phe Vạn Ninh là vượt trội. 9 tuần dương hạm 38 khu trục hạm đánh với 3 tuần dương hạm cùng 6 khu trục hạm. Đây rõ ràng là lấy thịt đè người, nhưng Diêu thiếu muốn một trận lấy thịt đè người này để luyện binh. Không một ai điên mà đem số lượng quân ngang nhau đi luyện binh cả, cái ấy là nướng binh thì đúng hơn. 
Vạn Ninh tuy hải chiến hiện đại kém kinh nghiệm, nhưng họ có một thế mạnh đó là kỉ luật cao, luyện tập chuyên nghiệp thời gian dài. Cộng thêm với mỗi chiến hạm đều có một tham vấn là sĩ quan hải quân Prussia chính vì vậy đội hình cánh nhạn của Vạn Ninh hải quân triển khai rất thành thục trên biển với số lượng chiến hạm vô cùng lớn như vậy. 
Hai bên hạm đội Vạn Ninh và Tây Ban Nha dần dần tiếp cận nhau, và điều gì đến cũng phải đến. Một màn đấu pháo khốc liệt giữa hai bên diễn ra. Những cái gì xem trên phim đều là nói phét cả, nào là những quả pháo bắn hình cầu âu từ rất xa ào ào này nọ là chém gió do các ông đạo diễn nghĩ ra mà thôi. Nhất là mấy ông đạo diễn người tàu lại càng nghĩ đến vô lý tợn. Thật ra đấu pháo hải chiến thực tế là 100% bắn thẳng, tức là góc bắn ngang, khoảng cách không xa. 
Cứ nói pháo xạ trình 1600m, 1800m, 2000m…. nhưng đấy là tính trên mặt đất mà thôi. Vì pháo trên bộ là đặt trên nền đất cứng không gặp phải các chuyển động bất thường nên có thể bắn chuẩn xác với các khoảng cách lý tưởng nói trên. 
Nhưng chiến Hạm trên biển sẽ gặp phải 6 chuyển động trong không gian: chuyển động dọc, chuyển động ngang, chuyển động lên xuống, quay quanh trục đứng, quanh trục dọc, quanh trục ngang. Lúc này có mà bố tổ xư pháo binh nào có thể căn được mà bắn theo đường parabol cho được. 
Mà bắn pháo thì không phải lúc nào muốn bắn cũng được. Đối với pháo bên mạn thì phải bắn khi mạn đó dập dềnh theo sóng cao hơn mạn đối diện và lên đến cao nhất mới được bắn. Lý do đơn giản, nếu bắn lúc mạn đang di chuyển lên thì phản chấn của pháo ngược với chiều nhô lên của mạn, sàn thuyền nào chịu cho nổi. Nhưng nếu bắn pháo lúc mạn thuyền đang di chuyển xuống thì hai lực tác động sẽ cùng chiều với nhau, ôi thôi thuyền sẽ lắc lư vô đối. 
Tất nhiê những ảnh hưởng tiêu cực trên với các chiến hạm tuần dương cỡ lớn, và các thiết giáp hạm thig có giảm đi đôi chút. Nhưng để bắn đường Parabol là không có được. Tất nhiên đây là giới hạn cho các pháo bên. Nhưng pháo chính ở mũi và đuôi chiến hạm thì tác dộng này sẽ bớt đi vì chuyển động theo chiều dọc của chiến hạm thường ổn định hơn, chính vì thế các pháo thủ tốt vẫn có thể tự tin băn các viên đạn parabol với độ chuẩn xác … không cao, lấy may mắn và hi vọng làm chính.
Nói vậy để nêu ra rằng lúc này đấu pháo phần lớn là dựa vào bắn thẳng vào đối phương với khoản cách hiệu quả là 1000 m trở xuống. Nhưng 1000 m thì khả năng xuyên giáp của các loại pháo trang bị trên chiến hạm lúc này là vô cùng thấp. Vậy ra khoảng cách để đọ pháo thực sự lại bi rút gắn xuống còn dưới 500m. Lúc này đây thì đôi bên sẽ đọ xem ai pháo khỏe ai giáp tốt, ai nhiều pháo hơn, và ai may mắn hơn. Tất nhiên đây là chiến thuật trâu bò húc phổ biến. Còn nhiều chiến thuật khác như dùng tốc độ từ xa ngoài 1km tiến hành bắn áp chế diện rộng. Nhưng xác xuất trúng đạn thấp lắm nên cần nhiều chiến hạm, nhiều pháo mới có thể tiến hành được. 
Tất nhiên lúc này Vạn Ninh đang là người nhiều chiến hạm, nhiều pháo nên họ giữ khoản cách mà bắn áp chế từ ngoài 1000m. Và rõ ràng với số lượng lơn pháo Krupp với tầm xa vượt trội thì Vạn Ninh đang chiếm ưu thế hoàn toàn. 1000m thì pháo Krupp với tầm xa 2500m vẫn có thể bắn thẳng hiệu quả. Tuy rằng xuyên giáp tỉ lệ thấp nhưng vẫn có nhiều quả pháo có thể bắn thẳng vào sàn thuyền, cột buồm và ống khói. 
Trọng điểm chiếu cố của pháo thủ Vạn Ninh là 6 khu trục hạm cùng 8 thuyền đổ bộ của quân Tây Ban Nha. Vì những chiến hạm này giáp mỏng, lò hơi lộ một phần trên sàn thuyền nên rất dễ bị phá hủy. Sau một lượt lướt qua nhau thì chỉ có 2 tuần Dương Hạm của người Tây Ban Nha có thể xông qua, nhưng cột buồm của chúng đã bi hư hại nặng nề và tốc độ giảm xuống thảm thương. Một tuần dương hạm khác của Tây Ban Nha không hiểu sau bị đục bung cả lớp bọc giáp sau đó lò hơi bị bắn nổ. Có lẽ chiến hạm này quá xui xẻo àm trúng quá nhiều đạn đến nỗi lớp thiết giáp bên mạn bị nổ bung ra, sau đó một viên đạn xuyên qua lớp gỗ mà nổ ngay tại lò hơi.
Tuần dương hạm lúc này rất khó bị bắn thủng lò hơi, không ngờ đến một chiếc chiến hạm Tây Ban Nha có thể gặp phải tình trạng này. Sau khi chạy qua đội hình 9 tuần dương hạm 38 khu trục hạm của quân Vạn Ninh thì 6 khu trục hạm cùng các tàu đổ bộ của Tây Ban Nha đều phải nằm lại. Bọn họ bị dính quá nhiều pháo từ cả hai bên mạn tàu mà không thể gắng gượng được hơn. Chúng đã phải dừng lại mà trôi theo quán tính mà thôi. Trên các chiến hạm này lửa đang bốc cháy ngùn ngụt, các thủy thủ còn sống thì đang thi nhau nhảy xuống biển. Mặc du họ biết nhảy xuống biển thì kết quả cũng chẳng tốt hơn là bao.
Bên phía quân Vạn Ninh không phải không có thiệt hại. Các tuần dương hạm Vạn Ninh thì không có ngại gì, lớp thiết giáp của họ rất tốt. Nhất là tuần đương hạm của người Phổ, phải nói là đạn đại bác của Tây Ban Nha với khoản cách 1000m bắn vào chả khác gãi gứa là bao. Nhưng các khu trục hạm thì khác, khu trục hạm nhập từ Prussia còn tốt, với lớp thiết giáp kahs dày dặn chúng chỉ chịu những tổn thất nhỏ nhoi có thể khắc phục được. Nhưng có hai khu trục hạm made in Pháp với lớp thiết giáp mong manh đã chịu hư ại nặng nề, cũng may là chúng chưa có vỡ lò hơi. Hai chiếc khu trục hạm này là ăn đủ một lượt đạn của tàu Tuần Dương Tây Ban Nha, không chìm luôn đã là phúc tổ bảy đời rồi. 15 thanh pháo 12 pound một bên mạn thuyền tuần dương Tây Ban Nha cũng không phải dùa. 
Hạm đội Vạn Ninh không quay đầu đuổi theo quân Tây Ban Nha mà họ chia cánh tách ra, bởi lẽ hạm độ Huế đã từ phía sau mà lao lên. Để tránh va chạm thì quân Vạn Ninh đành phải tránh hai bên cho quân trung ương làm việc. 
Và tất nhiên 2 chiến tuần dương hạm Tây Ban Nha bị bắn hỏng cột buồm không thể thoát nhanh nên bị đuổi kịp. Chuẩn đô đốc hải quân Nguyễn Chi Long hưng phấn ra lệnh cho các chiến hạm nã pháo ầm ầm vào đối phương què quặt. Diêu thiếu như muốn la lên: “ Dcm mày, bắn hỏng lấy gì ra mà dùng”.
Cũng may hai chiến hạm này cũng mạng cứng mà không có vỡ lò hơi. Xem ra thân tàu có vỡ có nát thì vẫn khôi phục được, có cái là hơi tốn tiền xíu. Nhưng mà Diêu thiếu ghét bỏ rồi, hai con thuyền nát đo bố vứt cho Huế triều, muốn dùng thì tự sửa mà dùng. 
Hạm đội liên quân kéo hai cái thuyền nát cộng với 2 khu trục hạm bị thương đi vào Vịnh Manila. Lúc này thì trên cac pháo đài phòng thủ bờ biển Manila đã dăng đầy cờ của quân kháng chiến báo hiệu rằng nơi đó đã bị khống chế. 
Nói thật không có quân kháng chiến thì việc Liên quân chiếm đóng Vinh Manila sẽ rất mệt mỏi. Đối với phòng thủ bờ biển thì khác hẳn pháo bố trí trên thuyền chiến hoặc bộ binh pháo. Nơi này phải cần có pháo tầm xa và cực kì lớn. Các thanh siêu pháo nỳ sẽ được đặt trên nền đất cứng chịu được phản lực kinh khủng của pháo. Thật ra đối với phòng thủ bờ biển mà nói người ta hay xây cảng trong những vịnh kín: ví dụ như vịnh Đà Nẵng, Vịnh Cửa Lục, Vịnh Cửa Việt (Huế). Vậy nên pháo đã đặt ở nơi hiểm yếu và số lượng pháo được tình toán sao cho bao phủ toàn bộ cửa vào vịnh. dưới mức độ bắn rát của pháo phòng thủ thì thường tàu khó lòng tấn công vào. Và hệ thống phòng thủ của Vịnh Manila và Batagas cũng như vậy. Chính vì lý do này các binh sĩ kháng chiến Phillippine được lệnh phải đánh chiếm các vị trí pháo này trước, còn pháo đài Manila thì cứ để đấy tính sau. 
Tất nhiên chiến lược tại Batagas lại là chiếm pháo đài trước vì Hạm đội liên quân không có đổ bộ vào vịnh này. 
Chiến đấu trên bộ thì không có nhiều phưc tạp. Hạm đội chiếm đóng vịnh Manila trong chớp mắt, nội bất xuất ngoại bất nhập. 3 ngàn quân Vạn Ninh lên bờ thêm vào đó là 4000 quân triều đình Huế, 1000 quân Phổ. Lại có thêm 4 ngàn người Phillippine quân khởi nghĩa, 12 ngàn quân bao vây pháo đài 2000 người Tây Ban Nha. Cùng với đủ loại đại pháo liên tục công kích vào chiếc pháo đài tội nghiệp kia.
7 giờ sáng ngày 19 tháng 4, Pháo đài Manila đầu hàng. Nhưng lúc này rắc rối và dạn nứt trong mối quan hệ Đại Nam -Phillippine mới phát sinh.